Il popolamento floristico del Parco è probabilmente costituito da circa 1800 specie diverse di piante autoctone spontanee. Tra di esse circa il 10% rivestono una notevole importanza fitogeografica essendo Endemiche e/o rare. La più nota di queste specie, e forse anche la più importante, è la Primula di Palinuro (Primula palinuri), simbolo del Parco, specie paleoendemica a diffusione estremamente localizzata. Nel territorio del Parco, per la sua posizione baricentrica nel Bacino del Mediterraneo, sono presenti entità tipicamente meridionali di ambienti aridi al loro limite superiore di espansione insieme a specie, a distribuzione prettamente settentrionale, che qui raggiungono il limite meridionale del loro areale analogamente a quelle ad areale tipicamente orientale od occidentale. Nel corso della dinamica evolutiva del territorio le piante hanno occupato tutte le nicchie ecologiche disponibili, comprese quelle via via create dall'Uomo, arricchendo il già ampio mosaico della biodiversità. Esse si sono, lentamente e gradualmente, evolute ed associate in comunità di piante altamente specializzate ed in equilibrio con l'Ambiente costituendo l'attuale paesaggio vegetale del Cilento.

Sulle spiagge, tra le comunità delle sabbie, è ancora presente il sempre più raro Giglio marino (Pancratium maritimum); sulle scogliere a diretto contatto con gli spruzzi del mare vivono fitocenosi ad alofite estremamente specializzate e dominate dalla endemica Statice salernitana (Limonium remotispiculum) mentre sulle frequenti falesie costiere gli aggruppamenti rupicoli mediterranei sono costellati di preziosi endemiti come la Primula di Palinuro, il Garofano delle rupi (Dianthus rupicola) la Centaurea (Centaurea cineraria), l'Iberide florida (Iberis semperflorens), la Campanula napoletana (Campanula fragilis), ed altre ancora che caratterizzano, con le loro fioriture, un paesaggio costiero di rara bellezza. Nella fascia mediterraneo-arida, regno della multiforme e policroma macchia mediterranea, qui arricchita, in due sole località costiere, dalla Ginestra del Cilento (Genista cilentina) specie individuata soltanto nel 1993, da Carrubo (Ceratonia siliqua), Ginepro rosso o fenicio (Juniperus phoenicea), lembi di leccete, boschetti a Pino d'Aleppo (Pinus halepensis). Nell'area costiera, in particolare, il tessuto dei boschi sempreverdi e della macchia mediterranea è permeato dagli uliveti, giardini quasi naturali che si confondono e si integrano nella calda natura delle coste cilentane. Alle quote superiori e nell'interno le Querce, a volte annose e solitarie a guardia degli antichi coltivi, ora in formazioni compatte insieme ad Aceri, Tigli, Olmi, Frassini e Castagni. E più su i maestosi Faggeti che coprono e proteggono i monti; qui, ove si percepiscono i profumi della montagna, sovente si incontra il raro Acero del Lobel (Acer lobelii). Ancora più in alto, nel regno denso di silenzio delle alte rupi e delle vette dei Monti Alburni, del Cervati, del Motola, del Bulgheria vivono il rarissimo Crespino dell'Etna (Berberis aetnensis) Sassifraghe endemiche dell'Appennino centro-meridionale (come Saxifraga paniculata subsp. stabiana, Saxifraga ampullacea e la rara Saxifraga porophylla), l'Aubrieta columnae subsp. columnae, le Centauree di montagna ed altre rare specie.Ma anche la presenza di alcune piante più comuni, diffuse anche altrove, conosciute da tutti, riveste qui notevole importanza fitogeografica come i piccoli boschetti spontanei di Betulla (Betula pendula), l'Abete bianco (Abies alba) ed il Bosso (Buxus sempervirens) ed Platanus orientalis autoctono dei dintorni di Velia.